Ciao,
non so come funzioni con la CSA in particolare non avendola mai presa. Tuttavia la regola del biglietto elettronico è proprio quella che sparisce il biglietto cartaceo vero e proprio. Quando fai la prenotazione ti viene rilasciata la ricevuta del tuo volo che ti devi portare con te come certificazione dell'avvenuta prenotazione. Molte compagnie poi offrono il checkin online da 24H prima della partenza. Una volta fatto dovresti essere in grado di stamparti la carta di imbarco e con quella puoi recarti direttamente al gate. In alternativa, se hai del bagaglio da registrare in stiva, lo consegni a dei banchi detti "baggage drop off" appositamente istituiti proprio per coloro che hanno già fatto il checkin e che, quindi, non necessitano di particolari formalità. In alternativa, non essendo il checkin online obbligatorio, lo puoi fare direttamente in aeroporto come sempre (consegnando solo il documento di identità), anche se, facendolo da casa prima ti puoi scegliere il posto a sedere secondo le tue necessità.
Essendo tu di Firenze, premettendo che non so ne quando parti ne eventuali costi e tariffe, non sarebbe più comodo fare FLR-FCO-PRG? Il volo FLR-FCO è anche in C/S con la CSA, quindi non hai nessun problema di bagagli o di transiti, e puoi prenotare il tutto direttamente sul sito della CSA. Partendo da Firenze imbarchi il bagaglio qua e te lo ritrovi direttamente a Praga, evitando, secondo me, la seccatura di dovertelo portare fino a MXP. Non so, ripeto, se arrivare fino a MXP (treno o macchina che sia) sia più conveniente in termini di costi e di tempo. Ti consiglio di valutare anche questa seconda ipotesi (che senza dubbio, sarebbe quella che farei io).
Ciao