Reporter,
cerco di darti una (mia) risposta senza attinenza al fatto in questione, dato che credo sia tutto da appurare, infatti non conoscendo la catena degli eventi non riesco ancora (per quanto mi riguarda) a capire cosa c'entrino i flaps con l'incidente, dato che in crociera non esiste alcun motivo per usarli.
Tutto e nulla può essere bloccato da un fulmine. In linea di massima, per questioni fisiche, come tutti sappiamo tende a colpire le aree appuntite oppure che generano campi elettromagnetici, e non a caso la maggior parte delle volte le parti colpite sono principalmente il radome del radar (che molte volte è stato letteralmente rotto), le antenne o le estremità. Per il principio della Gabbia di Faraday tende ad attraversare l'aereo e a scaricarsi (in genere) dalla coda, dove a volte si sono verificate rotture del cono di coda. Durante questo attraversamento può succedere di tutto, nel senso che possono venir danneggiate le radio, i computers, gli impianti elettrici, idraulici e quant'altro, per questo è difficile dire cosa può venir danneggiato.
Per esperienza personale, in occasione di qualcuno di questi sgradevoli eventi, uno passò completamente inosservato, dato che dopo l'atterraggio fu scoperta sulla fusoliera una serie di bruciature lungo le rivettature, senza che noi avessimo avuto modo di notare niente, mentre in un altro caso, dove l'evento fu ben visibile, dato che colpì il radome del radar e quindi avemmo modo di vederlo fin troppo bene, il danno fu una sverniciatura abbastanza vasta del radome, ma senza alcun danno materiale al sistema.