AP non era nemmeno originario di Air One -o meglio di Aliadraitica- ma di Aspen Airways.
Non vorrei dire una cavolata, ma credo che siano solo i codici ICAO ad dover essere unici mentre quelli IATA possono essere uguali e usati in contemporanea, immagino a patto di alcune condizioni. Ad esempio, quando Alitalia Express ancora esisteva (anche nel periodo CAI Second) lo stesso codice XM era in uso presso una compagnia con base in Australia (Australian Air Express), mentre è tuttora il codice di Zimex Aviation (Svizzera).
Sempre a memoria, mi pare di ricordare che il codice VA, oggi Virgin Australia, fosse quello di Volare nei primi anni. Credo sia passato a VE in epoca AZ con Volareweb dopo lo stop delle operazioni e forse il passaggio del codice agli australiani, ma non ci metterei la mano sul fuoco su questo.